Luego de las batallas ejecutadas por los españoles contra los indígenas rebeldes, acontecieron las guerras civiles y la muerte de los dos socios de conquista (Diego de Almagro y Francisco Pizarro). Como resultado, la corona española procedió a fundar el siguiente año el Virreynato del Perú. En todos los conflictos de esa época, el arma decisiva fue la caballería, ya que la infantería como la artillería carecían de la capacidad y limitada en maniobras.
A partir del 1554, las grandes ciudades del país se levantaban con las rutas terrestres tanto para los viajeros y los comerciantes. Usaban el caballo y la mula, éstos fueron los medios de transporte que ayudaron a crecer al Perú virreynal. No solo fueron las carretas, los carruajes que usaban a estos animales, sino también con la ayuda del lomo de estos animales, transportaban a las grandes autoridades de la monarquía, los sacerdotes que aplicaron la evangelización y la eliminación de otras idolatrías, los comerciantes y mineros al cuidado de sus empresas y a los terratenientes a la vigilancia de sus terrenos agrícolas.
En el virreynato del Perú, los mejores caballos, fueron criados en Luya de Chachapoyas, que cumplieron la función de entrenamiento y ejercicio de la nobleza española y criolla en las grandes fiestas religiosas, coronación de los reyes, en los cortejos fúnebres de los Príncipes de la Casa Real y en las corridas de toros.
Durante la Independencia del país, los caballos criados en el norte vivieron hechos importantes, como la carga de la caballería del 6 de agosto de 1824 en las pampas de Junín, que condenó una notable derrota a la célebre caballería realista del ejército del general José Canterac. Meses después, el 9 de diciembre del mismo año, la caballería patriota, bajo la soberanía del general Guillermo Miller; tuvo una contribución definitiva en la victoria final contra las fuerzas españolas del virrey José de la Serna
Sin embargo, también habían sobrevivido animales más fuertes, que fueron los progenitores de los que vienen a ser actualmente los caballos de paso. Todo esto fue un proceso de adaptación en donde el hombre tuvo que intervenir, que con perseverancia, atención y voluntad se utilizó a realizar una selección que combinase estética, resistencia y temperamento en los caballos.
